Súborový vírus sa pripája alebo prepisuje spustiteľné súbory, alebo súbory obsahujúce spustiteľný kód. Tento vírus sa aktivuje po spustení napadnutého súboru. Ak spustíme napadnutý program, najprv svoju činnosť vykonáva vírus a až potom napadnutý program. Ak je vírus „dobre napísaný“, program normálne beží a užívateľ si nič nevšimne.
